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En la ciudad de Bogotá, el Hospital San Juan de Dios se encuentra ubicado al suroriente, en la localidad quince Antonio Nariño. Se ubica entre las calles 1.a a 1.a sur, y las carreras 10 y 14. Según los datos del Departamento de Planeación, esta localidad tiene 581 manzanas, de las cuales 63 figuran sin estrato.