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El presente artículo analiza las capacidades de innovación de la pyme colombiana, a partir de una revisión de las investigaciones hechas en el país. Estas investigaciones, en su mayoría de orden empírico, describen situaciones y realidades de la gestión de este tipo de empresas, las cuales durante los últimos años han enfrentado cambios económicos de orden global, que dejan al descubierto algunas falencias respecto a su productividad y competitividad. El análisis confirma la baja capacidad de innovación de la pyme, como característica crítica que señala el documento Conpes 3484 de 2007, en el cual se destaca como una de las dificultades más significativas de estas empresas. Se toma como base conceptual la teoría de los recursos y capacidades para la identificación de las variables de análisis de la gestión de la innovación en la organización. Esta última se ve a partir del modelo de congruencia organizacional de Nadler y Tushman. Finalmente, se hace una reflexión sobre la inminente necesidad de profundizar en aquellos aspectos de la organización informal y sus efectos en las capacidades de innovación.