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La presente investigación propone un sistema de tratamiento anaerobio encargado de reducir las cargas contaminantes presentes en los vertimientos generados por la clínica veterinaria de la Universidad de La Salle, mediante la acción directa de la actividad microbiana ejercida por las bacterias contenidas en el lodo inoculado en el reactor anaerobio de flujo a pistón (RAP) diseñado para tal fin. Se establecen además las acciones requeridas para mantener estable la operación del reactor en cuanto al aporte de las bacterias metanogénicas y sulfato reductoras, mediante el desarrollo de análisis de laboratorio y determinación de parámetros in situ, lo cual permite definir los factores ambientales que inciden en el comportamiento de la biota bacteriana del reactor y, a su vez, la capacidad de degradación de compuestos orgánicos presentada por éstas. Finalmente, parte de la verificación demostró que el aumento en las concentraciones de fenol en el afluente del RAP podrían desestabilizar los procesos anaerobios debido a la inhibición de la producción de por parte de las bacterias presentes en el reactor, ya que este compuesto es considerado como tóxico y al ser usado como sustrato en los procesos de digestión anaerobia ocasiona desequilibrio en el metabolismo bacteriano