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Para desarrollar este documento se realizó una evaluación del deterioro ambiental de los hábitats de Varzea, Terra Firme, Igapó e Igarapé durante 17 años en la cuenca del río Amazonas, en la frontera entre Colombia, Brasil y Perú. Los datos fueron recolectados entre 1989 y 2006 en tres locaciones: Matamatá, Atalaia y Javarí. Con el fin de evaluar el grado de deterioro en los hábitats de Varzea y Terra Firme, se levantaron vistas de planta basadas en porcentaje de cobertura del suelo según cinco categorías: 1. selva no intervenida, 2. rastrojo, 3. chagras, 4. suelo incinerado, y 5. suelo denudado. En los hábitats de Igapó e Igarapé se hicieron descripciones fisiográficas y perfiles batimétricos para describir la degradación estructural del paisaje. Los datos fueron procesados con los programas Surfer, PAST y Biodiversity. Asimismo, se hizo un análisis de similaridad entre muestras y épocas basado en el índice de Bray-Curtis. Adicionalmente, se calcularon las covarianzas mediante un análisis multivariado de componentes principales. El hábitat de Igapó mostró en todos los años un buen nivel de integridad ecológica, mientras que los hábitats de Varzea y Terra Firme presentaron fragmentación espacial y un alto nivel de deterioro representado en la denudación del suelo provocada por las prácticas de tala y quema, minería, pastura y aserraderos. Por las mismas razones, el hábitat de Igarapé, si bien mantuvo cuantitativamente la oferta de hábitat, evidenció con los años un progresivo deterioro del paisaje