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A integridade ecológica das matas ciliares do sítio San José de Matadepantano foi observada entre julho de 2010 e outubro de 2011 para determinar o estado atual dos ecossistemas. As matas ciliares beiram os córregos Tiestal, Güio e Las Flores, rodeados por savanas que cobrem 1200 hectares de terreno. A integridade ecológica mediu-se a partir de variáveis como cobertura, densidade, amplitude dos corredores florestais, riqueza, diversidade e níveis de fragmentação ou descontinuidades dos bosques ao longo dos cursos aquáticos. A estrutura se descreveu mediante representações a escala em vistas de planta e de perfil. A cobertura de bosque se determinou como a porcentagem de área ocupada por cada uma das seguintes categorias: 1) bosque não explorado, 2) bosque em regeneração, 3) bosque explorado, 4) cultivos agrícolas e 5) caminhos e obras. As matas ciliares mostraram uma alta integridade ecológica, principalmente nos lugares mais distantes do campus Utopia, que é o maior epicentro de atividade humana. Perto do campus se apresenta um amplo rango de atividades representadas em agricultura, construções e caminhos e, portanto, os bosques de galeria localizados em sua proximidade exibiram uma menor integridade ecológica, mais baixa cobertura de bosque e uma degradação estrutural maior do que no resto da finca. Os bosques do córrego Güio se encontram em um bom estado de conservação abarcando o 70 % das formações florestais do sítio