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O objetivo do estudo foi evidenciar a presença de casos autóctones de equinococose cística humana hospitalizados no Instituto Nacional de Salud del Niño no período 1998-2010. Com o desenho de uma ficha de pesquisa epidemiológica registraramse as variáveis que determinaram os casos autóctones ou importados em pacientes nascidos na Lima Metropolitana e Callao. Os dados foram analisados com SPSS 15.0. Diagnosticaram-se 343 pacientes com equinococose cística, dos quais 27 foram confirmados e corroborados como casos autóctones e 316 como casos importados. Dos casos autóctones, 13 foram do sexo masculino, e 14, do feminino. As localizações anatômicas dos cistos foram: hepática (33,3%), pulmonar (29,6%), hepato-pulmonar (29,6%), muscular (3,7%) e cerebral (3,7%). As potenciais variáveis de exposição a infecções com equinococose cística entre os casos autóctones observadas com maior frequência foram: criar cachorros (85,2%); morar perto do mercado (37,0%); cachorros que comem na rua (29,6%); localização da moradia perto do matadouro (25,9%); recolher cachorros vira-lata, ou abandonados (25,9%), e deixar-se lamber por cachorros (25,9%). Os resultados do estudo devem alertar às autoridades de saúde sobre a disseminação desta doença e implementar programas de intervenção que previnam e controlem esta zoonose.